利用高效并行算法进行基于天然结构的蛋白质设计

简介

基于天然结构的蛋白质分子设计是通过确定蛋白质的最优一级结构，从而提高蛋白质的理化性能的方法。现有的蛋白质设计算法通常基于传统A*算法和分支定界算法，存在计算机资源占用高、计算效率低下等问题。本文利用计算机的图形处理器，并对算法进行优化，得到的创新并行A*算法和改良分支定界算法，能将蛋白质设计计算速度提高两万倍以上。将两种创新算法应用于人转录因子ⅡF的改造，使其在工程菌生产上的应用。